Sekolah Dasar Nahdlatul Ulama (SDNU) Pemanahan didirikan oleh pengurus Yayasan Pemanahan. Pada awalnya sekolah ini diberi nama Sekolah Dasar Islam Pemanahan (SDIP). Berdirinya SDNU Pemanahan dilatarbelakangi oleh tekad pengurus Yayasan Pemanahan untuk berkhidmah kepada masyarakat dan memberikan model pendidikan alternatif guna mencetak generasi masa depan yang unggul, berprestasi, dan berkarakter. Hal ini sesuai dengan tujuan berdirinya Yayasan Pemanahan. Sebagaimana tercantum dalam anggaran dasar, Yayasan Pemanahan adalah lembaga yang bergerak dalam bidang sosial, kemanusiaan, dan agama, yang salah satu programnya mendirikan lembaga pendidikan.
Secara resmi SDNU Pemanahan didirikan pada hari Ahad tanggal 31 Januari 2016 dalam sebuah acara launching (peresmian) yang ditandai dengan pembukaan selubung nama sekolah dan doa bersama (mujahadah). Acara peresmian ini dihadiri oleh sejumlah tokoh di wilayah Kecamatan Pleret dan generasi muda NU se-Kecamatan Pleret serta masyarakat sekitar.