Selain kegiatan-kegiatan rutin keagamaan yang dilaksanakan setiap hari, SDNU Pemanahan juga memiliki tambahan ekstrakurikuler sebagai berikut :
- Pagar Nusa : Merupakan cabang beladiri resmi yang dimiliki Jam’iyah Nahdlatul Ulama. Kurikulum Pagar Nusa di SDNU Pemanahan mengacu pada cabang beladiri prestasi, bukan untuk tarung bebas
- Drumband : Tujuan diadakannya ekskul ini adalah untuk mengasah keterampilan bermusik, melatih kepercayaan diri, kerjasama dalam sebuah tim, kesehatan dan kebugaran, kepemimpinan, dan yang paling penting adalah kegembiraan
- Renang : Bekerjasama dengan kolam renang di dekat sekolah, dengan bimbingan pelatih profesional. renang memiliki banyak manfaat, diantaranya adalah melatih otot, keseimbangan dan juga meningkatkan kecepatan belajar, selain itu juga untuk melatih skill perlindungan dan kepercayaan diri
- Amaliah Annahdliyah : Ekstrakurikuler yang menjadi ciri khas SDNU Pemanahan. Ekskul ini dilaksanakan di Pondok Pesantren Tahfidz Nurul Istadz Wonokromo. Peserta didik diajarkan amaliah khas NU diantaranya : sholawatan, tahlilan, ziarah kubur, dan materi fasholatan. Kegiatan ekskul ini juga dapat dimanfaatkan untuk mengenalkan peserta didik/wali murid tentang bagaimana rasanya mondok di pondok pesantren. Selain kegiatan untuk peserta didik, juga dilaksanakan pengajian untuk wali murid yang mengantar putra-putrinya.
- Geguritan : Menjaga tradisi budaya melalui pengajaran geguritan kepada anak-anak. Diasuh oleh Mbah Suro dari Wonokromo yang sudah sangat berpengalaman mengawal kebudayaan mataram.
- Hadrah : Sesuai dengan ciri khas warga NU, Hadrah merupakan musik yang selalu menyertai berbagai kegiatan keagamaan. Oleh karena itu di SDNU Pemanahan juga mengadakan ekstra hadrah yang diampu oleh guru yang berpengalaman tentunya karena Pleret merupakan gudangnya penerbang handal
- Pramuka : Sebagai ekstrakurikuler wajib yang diikuti oleh siaga dan penggalang. Diasuh oleh kakak-kakak pembina asli Pleret yang sudah mengetahui persis kultur budaya masyarakat setempat. Sehingga tujuan ekskul pramukan sebagai sarana pengabdian kepada masyarakat dapat lebih efektif
